しかし2013年後半からは大きなトラブルも少なくなりました。
就航開始から2013年にかけてのトラブルはwikipediaを参考にしてください。
回送便を誤販売
発生日: 2014年9月27日原因: システム障害
概要: 御嶽山噴火の影響で、成田行のフライトが関西へダイバートした。翌日、成田空港への回送便を誤って販売した。
参考情報: ジェットスター、787回送便を誤販売 関空ダイバートで
101便欠航
発生日: 2014年6月3日原因: 関空拠点化延期のため
概要: 6月3日からの関空拠点化に伴う増便を12日からに変更。そのため101便が欠航し、2766人に影響（1便あたり27人）。
対象者には無料で振替・返金、及び2000円のバウチャーを配布。
6月12日より予定通り関空拠点化を達成し、通常通りの運航を開始。
参考情報: ジェットスター・ジャパン、6月の増便延期 関空拠点化遅れで
国交省から厳重注意
発生日: 2013年10月9日原因: 機体点検手順の一部が実施されていなかった
概要: 国土交通省航空局の発行した耐空性改善通報を自社の整備マニュアルに反映していなかったため、18便欠航し、2477人に影響が出た。
参考情報: ジェットスター・ジャパンとエアアジア・ジャパンに厳重注意 国交省
コンビニ決済で超過請求
発生日: 2013年9月15日原因: システム不具合
概要: 本来国内線は300円、短距離国際線は650円の支払手数料を課金すべきところ、システムの不具合により1000円を課金してしまった。
該当者には返金手続きをした。
参考情報: ジェットスター・ジャパン、コンビニ決済で超過請求1696件
福岡で緊急着陸
発生日: 2013年9月18日原因: 滑走路閉鎖に伴う空中待機が長引いたため
概要: 福岡空港でバードストライクが発生し、空港上空で約40分間待機。該当機以外に空中待機となった便が20機ほどあったため、着陸する順番次第では燃料不足になる可能性があると判断したため、緊急着陸を要請。
乗員乗客に怪我等は一切なし。
参考情報: ジェットスター・ジャパン機、福岡で緊急着陸 燃料不足懸念